diff --git a/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/DepositChangeResponseDto.java b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/DepositChangeResponseDto.java
index 60318ef04e9b569bc85615995215f236a4ce69bc..8a7297df21605c727af4bf436abdc9755678617a 100644
--- a/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/DepositChangeResponseDto.java
+++ b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/DepositChangeResponseDto.java
@@ -1,6 +1,6 @@
package at.tuwien.api.zenodo.deposit;
-import at.tuwien.api.zenodo.files.FileDto;
+import at.tuwien.api.zenodo.files.FileResponseDto;
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonFormat;
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonProperty;
import lombok.*;
@@ -40,7 +40,7 @@ public class DepositChangeResponseDto {
private CreatorDto[] contributors;
- private List<FileDto> files;
+ private List<FileResponseDto> files;
private Long id;
diff --git a/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/DepositResponseDto.java b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/DepositResponseDto.java
index dee78afe09fdf472af63691c43d86a8eeb27df79..25cc5c9a90c145d0eda3c9a9ddae1cc6a27fda1d 100644
--- a/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/DepositResponseDto.java
+++ b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/DepositResponseDto.java
@@ -1,6 +1,6 @@
package at.tuwien.api.zenodo.deposit;
-import at.tuwien.api.zenodo.files.FileDto;
+import at.tuwien.api.zenodo.files.FileResponseDto;
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonFormat;
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonProperty;
import lombok.*;
@@ -46,7 +46,7 @@ public class DepositResponseDto {
private CreatorDto[] contributors;
- private List<FileDto> files;
+ private List<FileResponseDto> files;
private Long id;
diff --git a/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/FileBinaryRequestDto.java b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/FileBinaryRequestDto.java
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..1e823a91feb4e84e373c8bf774c3b8ea9728f44f
--- /dev/null
+++ b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/FileBinaryRequestDto.java
@@ -0,0 +1,16 @@
+package at.tuwien.api.zenodo.deposit;
+
+import lombok.*;
+import org.springframework.core.io.ByteArrayResource;
+import org.springframework.http.HttpEntity;
+
+@Getter
+@Setter
+@Builder
+@NoArgsConstructor
+@AllArgsConstructor
+public class FileBinaryRequestDto {
+
+ private HttpEntity<ByteArrayResource> file;
+
+}
diff --git a/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/FileRequestDto.java b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/FileRequestDto.java
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..6a867192b2b918d35cd3a46105566bd9e984e02c
--- /dev/null
+++ b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/deposit/FileRequestDto.java
@@ -0,0 +1,15 @@
+package at.tuwien.api.zenodo.deposit;
+
+import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonInclude;
+import lombok.*;
+
+@Getter
+@Setter
+@Builder
+@NoArgsConstructor
+@AllArgsConstructor
+public class FileRequestDto {
+
+ private String name;
+
+}
diff --git a/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/files/FileDto.java b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/files/FileResponseDto.java
similarity index 89%
rename from fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/files/FileDto.java
rename to fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/files/FileResponseDto.java
index 054146a746a4f723dacb26f3be31243a07faa63d..5ffd7b599e11014dd8d8bb89f9797b6bcc462860 100644
--- a/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/files/FileDto.java
+++ b/fda-citation-service/api/src/main/java/at/tuwien/api/zenodo/files/FileResponseDto.java
@@ -7,7 +7,7 @@ import lombok.*;
@Builder
@NoArgsConstructor
@AllArgsConstructor
-public class FileDto {
+public class FileResponseDto {
private String checksum;
diff --git a/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/BaseUnitTest.java b/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/BaseUnitTest.java
index 8466f80fec0063210f9f709b2372e5f1df3d9190..3accc542f017162950ba95c4d88269d0fcc9a72e 100644
--- a/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/BaseUnitTest.java
+++ b/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/BaseUnitTest.java
@@ -1,7 +1,7 @@
package at.tuwien;
import at.tuwien.api.zenodo.deposit.*;
-import at.tuwien.api.zenodo.files.FileDto;
+import at.tuwien.api.zenodo.files.FileResponseDto;
import at.tuwien.api.zenodo.files.FileLinksDto;
import org.apache.commons.lang.RandomStringUtils;
import org.springframework.test.context.TestPropertySource;
@@ -37,6 +37,11 @@ public abstract class BaseUnitTest {
public final static String CREATOR_2_AFFIL = "TU Graz";
public final static String CREATOR_2_ORCID = "0000-0002-2606-4059";
+ public final static String FILE_1_ID = "deadbeef-deafdeed";
+ public final static String FILE_1_NAME = "testdata-othername.csv";
+ public final static String FILE_1_CHECKSUM = "d393c7fa1240c18473133793f7901aaa";
+ public final static Long FILE_1_SIZE = 34614L;
+
public final static Long DEPOSIT_2_ID = 2L;
public final static String DEPOSIT_2_TITLE = "Test Document " + RandomStringUtils.randomAlphanumeric(10);
public final static String DEPOSIT_2_DESCRIPTION = "Test Description " + RandomStringUtils.randomAlphanumeric(100);
@@ -46,12 +51,6 @@ public abstract class BaseUnitTest {
public final static String DEPOSIT_2_STATE = "draft";
public final static Boolean DEPOSIT_2_SUBMITTED = false;
-
- public final static String FILE_1_CHECKSUM = "deadbeef";
- public final static String FILE_1_NAME = "data.csv";
- public final static String FILE_1_ID = "73d5674b-2bda-400c-844e-4eef309afe5e";
- public final static Long FILE_1_SIZE = 3943498L;
-
public final static String FILE_1_LINKS_DOWNLOAD = "http://localhost:5500/file/" + FILE_1_ID + "/download";
public final static String FILE_1_LINKS_SELF = "http://localhost:5500/file/" + FILE_1_ID;
@@ -82,7 +81,7 @@ public abstract class BaseUnitTest {
.self(FILE_1_LINKS_SELF)
.build();
- public final static FileDto FILE_1 = FileDto.builder()
+ public final static FileResponseDto FILE_1 = FileResponseDto.builder()
.checksum(FILE_1_CHECKSUM)
.filename(FILE_1_NAME)
.id(FILE_1_ID)
diff --git a/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/service/FileServiceIntegrationTest.java b/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/service/FileServiceIntegrationTest.java
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..96f8c227c3b8351cbf5c78ee0cffdb16ed1e25f4
--- /dev/null
+++ b/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/service/FileServiceIntegrationTest.java
@@ -0,0 +1,60 @@
+package at.tuwien.service;
+
+import at.tuwien.BaseUnitTest;
+import at.tuwien.api.zenodo.deposit.DepositChangeRequestDto;
+import at.tuwien.api.zenodo.deposit.DepositChangeResponseDto;
+import at.tuwien.api.zenodo.deposit.FileRequestDto;
+import at.tuwien.api.zenodo.files.FileResponseDto;
+import at.tuwien.config.ReadyConfig;
+import at.tuwien.exception.ZenodoApiException;
+import at.tuwien.exception.ZenodoAuthenticationException;
+import at.tuwien.exception.ZenodoNotFoundException;
+import org.apache.commons.io.FileUtils;
+import org.junit.jupiter.api.Assertions;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+import org.junit.jupiter.api.extension.ExtendWith;
+import org.mockito.Mockito;
+import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
+import org.springframework.boot.test.context.SpringBootTest;
+import org.springframework.boot.test.mock.mockito.MockBean;
+import org.springframework.http.HttpMethod;
+import org.springframework.http.HttpStatus;
+import org.springframework.http.ResponseEntity;
+import org.springframework.test.context.junit.jupiter.SpringExtension;
+import org.springframework.util.ResourceUtils;
+import org.springframework.web.client.RestTemplate;
+
+import java.io.FileNotFoundException;
+import java.io.IOException;
+
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.assertEquals;
+import static org.mockito.ArgumentMatchers.*;
+import static org.mockito.ArgumentMatchers.anyString;
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+
+@SpringBootTest
+@ExtendWith(SpringExtension.class)
+public class FileServiceIntegrationTest extends BaseUnitTest {
+
+ @MockBean
+ private ReadyConfig readyConfig;
+
+ @Autowired
+ private ZenodoFileService fileService;
+
+ @Autowired
+ private ZenodoMetadataService metadataService;
+
+ @Test
+ public void createResource_succeeds() throws IOException, ZenodoApiException, ZenodoNotFoundException, ZenodoAuthenticationException {
+// final DepositChangeResponseDto deposit = metadataService.storeCitation();
+ final byte[] file = FileUtils.readFileToByteArray(ResourceUtils.getFile("classpath:testdata.csv"));
+
+ /* test */
+ final FileResponseDto response = fileService.createResource(1L, FILE_1_NAME, file);
+ assertEquals(FILE_1_NAME, response.getFilename());
+ assertEquals(FILE_1_CHECKSUM, response.getChecksum());
+ assertEquals(FILE_1_SIZE, response.getFilesize());
+ }
+
+}
\ No newline at end of file
diff --git a/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/service/FileServiceUnitTest.java b/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/service/FileServiceUnitTest.java
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..2b86237c474f68b3d34e1b3b44b781f26418fc15
--- /dev/null
+++ b/fda-citation-service/rest-service/src/test/java/at/tuwien/service/FileServiceUnitTest.java
@@ -0,0 +1,80 @@
+package at.tuwien.service;
+
+import at.tuwien.BaseUnitTest;
+import at.tuwien.api.zenodo.deposit.*;
+import at.tuwien.api.zenodo.files.FileResponseDto;
+import at.tuwien.config.ReadyConfig;
+import at.tuwien.exception.ZenodoApiException;
+import at.tuwien.exception.ZenodoAuthenticationException;
+import at.tuwien.exception.ZenodoNotFoundException;
+import org.apache.commons.io.FileUtils;
+import org.junit.jupiter.api.Disabled;
+import org.junit.jupiter.api.Test;
+import org.junit.jupiter.api.extension.ExtendWith;
+import org.mockito.Mockito;
+import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
+import org.springframework.boot.test.context.SpringBootTest;
+import org.springframework.boot.test.mock.mockito.MockBean;
+import org.springframework.http.HttpEntity;
+import org.springframework.http.HttpMethod;
+import org.springframework.http.HttpStatus;
+import org.springframework.http.ResponseEntity;
+import org.springframework.test.context.junit.jupiter.SpringExtension;
+import org.springframework.util.ResourceUtils;
+import org.springframework.web.client.RestTemplate;
+
+import java.io.FileNotFoundException;
+import java.io.IOException;
+import java.util.List;
+
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.assertEquals;
+import static org.junit.jupiter.api.Assertions.assertThrows;
+import static org.mockito.ArgumentMatchers.anyString;
+import static org.mockito.ArgumentMatchers.eq;
+import static org.mockito.Mockito.anyLong;
+import static org.mockito.Mockito.when;
+
+@SpringBootTest
+@ExtendWith(SpringExtension.class)
+public class FileServiceUnitTest extends BaseUnitTest {
+
+ @MockBean
+ private ReadyConfig readyConfig;
+
+ @Autowired
+ private ZenodoFileService fileService;
+
+ @MockBean
+ private RestTemplate zenodoTemplate;
+
+ @Test
+ public void createResource_succeeds() throws IOException, ZenodoApiException, ZenodoNotFoundException,
+ ZenodoAuthenticationException {
+ final byte[] file = FileUtils.readFileToByteArray(ResourceUtils.getFile("classpath:testdata.csv"));
+ when(zenodoTemplate.exchange(anyString(), eq(HttpMethod.POST), Mockito.any(),
+ eq(FileResponseDto.class), anyLong(), anyString()))
+ .thenReturn(ResponseEntity.status(HttpStatus.OK)
+ .body(FILE_1));
+
+ /* test */
+ final FileResponseDto response = fileService.createResource(DEPOSIT_1_ID, FILE_1_NAME, file);
+ assertEquals(FILE_1_NAME, response.getFilename());
+ assertEquals(FILE_1_CHECKSUM, response.getChecksum());
+ assertEquals(FILE_1_SIZE, response.getFilesize());
+ }
+
+ @Test
+ public void createResource_notExists_fails() throws IOException {
+ final byte[] file = FileUtils.readFileToByteArray(ResourceUtils.getFile("classpath:testdata.csv"));
+ when(zenodoTemplate.exchange(anyString(), eq(HttpMethod.POST), Mockito.any(),
+ eq(FileResponseDto.class), anyLong(), anyString()))
+ .thenReturn(ResponseEntity.status(HttpStatus.BAD_REQUEST)
+ .build());
+
+ /* test */
+ assertThrows(ZenodoNotFoundException.class, () -> {
+ fileService.createResource(DEPOSIT_1_ID, FILE_1_NAME, file);
+ });
+ }
+
+}
\ No newline at end of file
diff --git a/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/application.properties b/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/application.properties
index 5002d6fb8f86b0ef84d19bef2f1e169fbd910a59..744cc55069fcf93538377de1620b9cf8e9068962 100644
--- a/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/application.properties
+++ b/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/application.properties
@@ -17,4 +17,4 @@ spring.jpa.show-sql=false
fda.mapping.path: /tmp
fda.table.path: /tmp
-zenodo.endpoint: https://sandbox.zenodo.org/
\ No newline at end of file
+zenodo.endpoint: http://sandbox.zenodo.org/
\ No newline at end of file
diff --git a/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/intercept.py b/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/intercept.py
deleted file mode 100755
index d2d36630b37651c7f3c54e028128c26cad9da4f6..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/intercept.py
+++ /dev/null
@@ -1,16 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python3
-import socket
-
-HOST = '' # Symbolic name meaning all available interfaces
-PORT = 50000 # Arbitrary non-privileged port
-s = socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_STREAM)
-s.bind((HOST, PORT))
-s.listen(1)
-
-conn, addr = s.accept()
-print ('Connected by' + str(addr))
-while 1:
- data = conn.recv(1024)
- if not data: break
- print("===> recv " + str(data))
-conn.close()
\ No newline at end of file
diff --git a/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/testdata.csv b/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/testdata.csv
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..f747eb5bd6c8288173dba85b146d5883a7057b8b
--- /dev/null
+++ b/fda-citation-service/rest-service/src/test/resources/testdata.csv
@@ -0,0 +1,1001 @@
+id;Date;Location;MinTemp;MaxTemp;Rainfall
+1;2008-12-01;Albury;13.4;22.9;0.6
+2;2008-12-02;Albury;7.4;25.1;0
+3;2008-12-03;Albury;12.9;25.7;0
+4;2008-12-04;Albury;9.2;28;0
+5;2008-12-05;Albury;17.5;32.3;1
+6;2008-12-06;Albury;14.6;29.7;0.2
+7;2008-12-07;Albury;14.3;25;0
+8;2008-12-08;Albury;7.7;26.7;0
+9;2008-12-09;Albury;9.7;31.9;0
+10;2008-12-10;Albury;13.1;30.1;1.4
+11;2008-12-11;Albury;13.4;30.4;0
+12;2008-12-12;Albury;15.9;21.7;2.2
+13;2008-12-13;Albury;15.9;18.6;15.6
+14;2008-12-14;Albury;12.6;21;3.6
+15;2008-12-15;Albury;8.4;24.6;0
+16;2008-12-16;Albury;9.8;27.7;NA
+17;2008-12-17;Albury;14.1;20.9;0
+18;2008-12-18;Albury;13.5;22.9;16.8
+19;2008-12-19;Albury;11.2;22.5;10.6
+20;2008-12-20;Albury;9.8;25.6;0
+21;2008-12-21;Albury;11.5;29.3;0
+22;2008-12-22;Albury;17.1;33;0
+23;2008-12-23;Albury;20.5;31.8;0
+24;2008-12-24;Albury;15.3;30.9;0
+25;2008-12-25;Albury;12.6;32.4;0
+26;2008-12-26;Albury;16.2;33.9;0
+27;2008-12-27;Albury;16.9;33;0
+28;2008-12-28;Albury;20.1;32.7;0
+29;2008-12-29;Albury;19.7;27.2;0
+30;2008-12-30;Albury;12.5;24.2;1.2
+31;2008-12-31;Albury;12;24.4;0.8
+32;2009-01-01;Albury;11.3;26.5;0
+33;2009-01-02;Albury;9.6;23.9;0
+34;2009-01-03;Albury;10.5;28.8;0
+35;2009-01-04;Albury;12.3;34.6;0
+36;2009-01-05;Albury;12.9;35.8;0
+37;2009-01-06;Albury;13.7;37.9;0
+38;2009-01-07;Albury;16.1;38.9;0
+39;2009-01-08;Albury;14;28.3;0
+40;2009-01-09;Albury;12.5;28.4;0
+41;2009-01-10;Albury;17;30.8;0
+42;2009-01-11;Albury;16.9;32;0
+43;2009-01-12;Albury;17.3;34.7;0
+44;2009-01-13;Albury;17.2;37.7;0
+45;2009-01-14;Albury;17.4;43;0
+46;2009-01-15;Albury;19.8;32.7;0
+47;2009-01-16;Albury;14.9;26.7;0
+48;2009-01-17;Albury;10.5;28.4;0
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+50;2009-01-19;Albury;13.9;36.6;0
+51;2009-01-20;Albury;18.6;39.9;0
+52;2009-01-21;Albury;19.3;38.1;0.8
+53;2009-01-22;Albury;24.4;34;0.6
+54;2009-01-23;Albury;18.8;35.2;6.4
+55;2009-01-24;Albury;20.8;30.6;0
+56;2009-01-25;Albury;14;34.3;0
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+58;2009-01-27;Albury;18.5;38.2;0
+59;2009-01-28;Albury;20.4;40.7;0
+60;2009-01-29;Albury;21.8;41.5;0
+61;2009-01-30;Albury;22.3;42.9;0
+62;2009-01-31;Albury;22;42.7;0
+63;2009-02-01;Albury;28;43.1;0
+64;2009-02-02;Albury;24.4;38.3;0.2
+65;2009-02-03;Albury;21.5;37.7;0
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+69;2009-02-07;Albury;22.3;44.8;0
+70;2009-02-08;Albury;28.3;40.2;0
+71;2009-02-09;Albury;18.4;31.2;0.4
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+76;2009-02-14;Albury;12.4;29.2;0
+77;2009-02-15;Albury;13.3;31.3;0
+78;2009-02-16;Albury;17.2;31.1;0
+79;2009-02-17;Albury;12.5;28.8;0
+80;2009-02-18;Albury;18;32;0
+81;2009-02-19;Albury;16.2;34;0
+82;2009-02-20;Albury;18.7;29.1;0
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+855;2011-05-04;Albury;6.7;19;0.6
+856;2011-05-05;Albury;4.4;18.1;0.2
+857;2011-05-06;Albury;2.8;16.8;0
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+860;2011-05-09;Albury;3.8;16.1;0
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+871;2011-05-20;Albury;4.5;18.6;0
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+873;2011-05-22;Albury;5.8;22;0
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+889;2011-06-07;Albury;-0.5;9.8;0
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+919;2011-07-07;Albury;6.8;11.2;4.4
+920;2011-07-08;Albury;-0.5;8.3;0
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+922;2011-07-10;Albury;6.4;11;0
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+924;2011-07-12;Albury;5.7;10.5;0
+925;2011-07-13;Albury;7.1;9.8;0
+926;2011-07-14;Albury;-0.3;12.6;4
+927;2011-07-15;Albury;-1.6;12.1;0
+928;2011-07-16;Albury;0.2;14.1;0
+929;2011-07-17;Albury;5.3;11.1;0
+930;2011-07-18;Albury;8.4;11;8.8
+931;2011-07-19;Albury;0.4;14.5;1.8
+932;2011-07-20;Albury;0.3;16.7;0.2
+933;2011-07-21;Albury;3.5;17.2;0
+934;2011-07-22;Albury;6.9;15.6;0
+935;2011-07-23;Albury;0.1;14.6;0
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+937;2011-07-25;Albury;5.5;13.2;16.2
+938;2011-07-26;Albury;4.1;14.1;2.2
+939;2011-07-27;Albury;0.5;14.5;0
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+941;2011-07-29;Albury;-1.4;14.7;0
+942;2011-07-30;Albury;0.6;16.1;0.2
+943;2011-07-31;Albury;4.9;14.7;1
+944;2011-08-01;Albury;3.4;19;0
+945;2011-08-02;Albury;6.5;20.6;0
+946;2011-08-03;Albury;3.9;21.5;0.2
+947;2011-08-04;Albury;7.1;22.9;0
+948;2011-08-05;Albury;5.6;20.7;0
+949;2011-08-06;Albury;9.9;12.9;14.6
+950;2011-08-07;Albury;5.3;11.1;4.2
+951;2011-08-08;Albury;7.1;12.3;8.2
+952;2011-08-09;Albury;3.1;10.1;1.2
+953;2011-08-10;Albury;6.3;10.9;3.6
+954;2011-08-11;Albury;3.4;16.8;2.8
+955;2011-08-12;Albury;1.6;16.3;0
+956;2011-08-13;Albury;0.7;13.4;0
+957;2011-08-14;Albury;4.3;17.3;0
+958;2011-08-15;Albury;3.9;13.8;1.2
+959;2011-08-16;Albury;9;19.4;0.2
+960;2011-08-17;Albury;7.1;12.6;5.6
+961;2011-08-18;Albury;7.4;10.8;30.8
+962;2011-08-19;Albury;6.9;19.3;0.8
+963;2011-08-20;Albury;3.2;17.3;0
+964;2011-08-21;Albury;2.1;18;0
+965;2011-08-22;Albury;1.8;17.7;0
+966;2011-08-23;Albury;2.5;16.9;0
+967;2011-08-24;Albury;2.4;17.5;0
+968;2011-08-25;Albury;2.5;20.7;0
+969;2011-08-26;Albury;1.9;16.6;0
+970;2011-08-27;Albury;0.8;16.8;0
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+972;2011-08-29;Albury;1.4;15.9;0
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+974;2011-08-31;Albury;0.4;15.8;0
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+977;2011-09-03;Albury;2.6;19.6;0
+978;2011-09-04;Albury;6.5;16.8;0
+979;2011-09-05;Albury;4.8;21.4;3.2
+980;2011-09-06;Albury;10.8;18.8;5
+981;2011-09-07;Albury;-0.1;14.4;1
+982;2011-09-08;Albury;0.4;15.9;0
+983;2011-09-09;Albury;2.7;14;0
+984;2011-09-10;Albury;4;NA;0.2
+985;2011-09-11;Albury;NA;NA;NA
+986;2011-09-12;Albury;NA;NA;NA
+987;2011-09-13;Albury;NA;15.8;NA
+988;2011-09-14;Albury;0.9;20.8;NA
+989;2011-09-15;Albury;1.7;17.2;0
+990;2011-09-16;Albury;4.4;20.8;0
+991;2011-09-17;Albury;3.7;21.7;0
+992;2011-09-18;Albury;5.5;23.9;0
+993;2011-09-19;Albury;5.3;26.7;0
+994;2011-09-20;Albury;10.1;13.6;1
+995;2011-09-21;Albury;1.7;18.2;3.6
+996;2011-09-22;Albury;4.4;22.1;0
+997;2011-09-23;Albury;10;18.4;0
+998;2011-09-24;Albury;1.9;18.3;0
+999;2011-09-25;Albury;8.6;19.8;1
+1000;2011-09-26;Albury;3.1;19.6;0
\ No newline at end of file
diff --git a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/config/ZenodoConfig.java b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/config/ZenodoConfig.java
index dc89fd5279c053112df47dd230be123540949020..c86042b67593c84ee824397ef86f42670589c21d 100644
--- a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/config/ZenodoConfig.java
+++ b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/config/ZenodoConfig.java
@@ -1,10 +1,9 @@
package at.tuwien.config;
import at.tuwien.exception.ZenodoAuthenticationException;
-import at.tuwien.utils.ZenodoTemplateInterceptor;
-import com.fasterxml.jackson.databind.DeserializationFeature;
+import at.tuwien.utils.ApiTemplateInterceptor;
+import at.tuwien.utils.UploadTemplateInterceptor;
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
-import com.fasterxml.jackson.databind.SerializationFeature;
import com.fasterxml.jackson.datatype.jdk8.Jdk8Module;
import com.fasterxml.jackson.datatype.jsr310.JavaTimeModule;
import lombok.Getter;
@@ -49,13 +48,23 @@ public class ZenodoConfig {
.registerModule(new Jdk8Module());
}
- @Bean
- public RestTemplate zenodo() {
+ @Bean("apiTemplate")
+ public RestTemplate apiTemplate() {
+ final UriBuilderFactory factory = new DefaultUriBuilderFactory(zenodoEndpoint);
+ final RestTemplate template = new RestTemplateBuilder()
+ .uriTemplateHandler(factory)
+ .build();
+ template.setInterceptors(List.of(new ApiTemplateInterceptor()));
+ return template;
+ }
+
+ @Bean("uploadTemplate")
+ public RestTemplate uploadTemplate() {
final UriBuilderFactory factory = new DefaultUriBuilderFactory(zenodoEndpoint);
final RestTemplate template = new RestTemplateBuilder()
.uriTemplateHandler(factory)
.build();
- template.setInterceptors(List.of(new ZenodoTemplateInterceptor()));
+ template.setInterceptors(List.of(new UploadTemplateInterceptor()));
return template;
}
diff --git a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/mapper/ZenodoMapper.java b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/mapper/ZenodoMapper.java
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..35f987b0990d06c264dce0dc8de030c23bdaee39
--- /dev/null
+++ b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/mapper/ZenodoMapper.java
@@ -0,0 +1,37 @@
+package at.tuwien.mapper;
+
+import at.tuwien.api.zenodo.deposit.FileBinaryRequestDto;
+import at.tuwien.api.zenodo.deposit.FileRequestDto;
+import org.mapstruct.Mapper;
+import org.springframework.core.io.ByteArrayResource;
+import org.springframework.http.HttpEntity;
+import org.springframework.http.HttpHeaders;
+import org.springframework.http.MediaType;
+import org.springframework.util.LinkedMultiValueMap;
+import org.springframework.util.MultiValueMap;
+
+import java.util.List;
+import java.util.Map;
+
+@Mapper(componentModel = "spring")
+public interface ZenodoMapper {
+
+ default HttpEntity<MultiValueMap<String, Object>> resourceToHttpEntity(String name, byte[] resource) {
+ final HttpHeaders headers = new HttpHeaders();
+ headers.setAccept(List.of(MediaType.APPLICATION_JSON));
+ headers.setContentType(MediaType.MULTIPART_FORM_DATA);
+ final HttpHeaders parts = new HttpHeaders();
+ parts.setContentType(MediaType.TEXT_PLAIN);
+ final ByteArrayResource byteArrayResource = new ByteArrayResource(resource) {
+ @Override
+ public String getFilename() {
+ return name;
+ }
+ };
+ MultiValueMap<String, Object> body = new LinkedMultiValueMap<>();
+ body.add("file", new HttpEntity<>(byteArrayResource, parts));
+ body.add("data", new HttpEntity<>(name, parts));
+ return new HttpEntity<>(body, headers);
+ }
+
+}
diff --git a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/FileService.java b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/FileService.java
index c88a53972bea0fa7e978725d5b17654f4fbc819d..9547fc836f21729cc8997bd773d6e4702070e657 100644
--- a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/FileService.java
+++ b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/FileService.java
@@ -1,8 +1,14 @@
package at.tuwien.service;
+import at.tuwien.api.zenodo.files.FileResponseDto;
+import at.tuwien.exception.ZenodoApiException;
+import at.tuwien.exception.ZenodoAuthenticationException;
+import at.tuwien.exception.ZenodoNotFoundException;
import org.springframework.stereotype.Service;
@Service
public interface FileService {
+ FileResponseDto createResource(Long id, String name, byte[] resource)
+ throws ZenodoAuthenticationException, ZenodoApiException, ZenodoNotFoundException;
}
diff --git a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/ZenodoFileService.java b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/ZenodoFileService.java
index c9653292a0002fe5f9d6307d68b38a76be4c5b47..bb9aab2627e95f1241293ac8705eea31359e2604 100644
--- a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/ZenodoFileService.java
+++ b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/ZenodoFileService.java
@@ -1,9 +1,49 @@
package at.tuwien.service;
+import at.tuwien.api.zenodo.files.FileResponseDto;
+import at.tuwien.config.ZenodoConfig;
+import at.tuwien.exception.ZenodoApiException;
+import at.tuwien.exception.ZenodoAuthenticationException;
+import at.tuwien.exception.ZenodoNotFoundException;
+import at.tuwien.mapper.ZenodoMapper;
+import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
+import org.springframework.http.*;
import org.springframework.stereotype.Service;
+import org.springframework.web.client.RestTemplate;
@Service
public class ZenodoFileService implements FileService {
+ private final RestTemplate apiTemplate;
+ private final RestTemplate uploadTemplate;
+ private final ZenodoConfig zenodoConfig;
+ private final ZenodoMapper zenodoMapper;
+
+ @Autowired
+ public ZenodoFileService(RestTemplate apiTemplate, RestTemplate uploadTemplate, ZenodoConfig zenodoConfig,
+ ZenodoMapper zenodoMapper) {
+ this.apiTemplate = apiTemplate;
+ this.uploadTemplate = uploadTemplate;
+ this.zenodoConfig = zenodoConfig;
+ this.zenodoMapper = zenodoMapper;
+ }
+
+ @Override
+ public FileResponseDto createResource(Long id, String name, byte[] resource)
+ throws ZenodoAuthenticationException, ZenodoApiException, ZenodoNotFoundException {
+ final ResponseEntity<FileResponseDto> response = uploadTemplate.exchange("/api/deposit/depositions/{deposit_id}/files?access_token={token}",
+ HttpMethod.POST, zenodoMapper.resourceToHttpEntity(name, resource), FileResponseDto.class, id,
+ zenodoConfig.getApiKey());
+ if (response.getStatusCode().equals(HttpStatus.UNAUTHORIZED)) {
+ throw new ZenodoAuthenticationException("Token is missing or invalid.");
+ }
+ if (response.getStatusCode().equals(HttpStatus.BAD_REQUEST)) {
+ throw new ZenodoNotFoundException("Did not find the deposit with this id");
+ }
+ if (response.getBody() == null) {
+ throw new ZenodoApiException("Endpoint returned null body");
+ }
+ return response.getBody();
+ }
}
diff --git a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/ZenodoMetadataService.java b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/ZenodoMetadataService.java
index 4b9c63d05de0b45fab69ae7ac3eba718166f7a68..fd77a9512dcab67641d16014b4b8b1be34bb7edd 100644
--- a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/ZenodoMetadataService.java
+++ b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/service/ZenodoMetadataService.java
@@ -16,18 +16,18 @@ import java.util.List;
@Service
public class ZenodoMetadataService implements MetadataService {
- private final RestTemplate zenodoRestTemplate;
+ private final RestTemplate apiTemplate;
private final ZenodoConfig zenodoConfig;
@Autowired
- public ZenodoMetadataService(RestTemplate zenodoRestTemplate, ZenodoConfig zenodoConfig) {
- this.zenodoRestTemplate = zenodoRestTemplate;
+ public ZenodoMetadataService(RestTemplate apiTemplate, ZenodoConfig zenodoConfig) {
+ this.apiTemplate = apiTemplate;
this.zenodoConfig = zenodoConfig;
}
@Override
public List<DepositResponseDto> listCitations() throws ZenodoAuthenticationException, ZenodoApiException {
- final ResponseEntity<DepositResponseDto[]> response = zenodoRestTemplate.exchange("/api/deposit/depositions?access_token={token}",
+ final ResponseEntity<DepositResponseDto[]> response = apiTemplate.exchange("/api/deposit/depositions?access_token={token}",
HttpMethod.GET, null, DepositResponseDto[].class, zenodoConfig.getApiKey());
if (response.getStatusCode().equals(HttpStatus.UNAUTHORIZED)) {
throw new ZenodoAuthenticationException("Token is missing or invalid.");
@@ -40,7 +40,7 @@ public class ZenodoMetadataService implements MetadataService {
@Override
public DepositChangeResponseDto storeCitation() throws ZenodoAuthenticationException, ZenodoApiException {
- final ResponseEntity<DepositChangeResponseDto> response = zenodoRestTemplate.exchange("/api/deposit/depositions?access_token={token}",
+ final ResponseEntity<DepositChangeResponseDto> response = apiTemplate.exchange("/api/deposit/depositions?access_token={token}",
HttpMethod.POST, new HttpEntity<>("{}"), DepositChangeResponseDto.class, zenodoConfig.getApiKey());
if (response.getStatusCode().equals(HttpStatus.UNAUTHORIZED)) {
throw new ZenodoAuthenticationException("Token is missing or invalid.");
@@ -57,7 +57,7 @@ public class ZenodoMetadataService implements MetadataService {
@Override
public DepositChangeResponseDto updateCitation(Long id, DepositChangeRequestDto data) throws ZenodoAuthenticationException,
ZenodoApiException, ZenodoNotFoundException {
- final ResponseEntity<DepositChangeResponseDto> response = zenodoRestTemplate.exchange("/api/deposit/depositions/{deposit_id}?access_token={token}",
+ final ResponseEntity<DepositChangeResponseDto> response = apiTemplate.exchange("/api/deposit/depositions/{deposit_id}?access_token={token}",
HttpMethod.PUT, new HttpEntity<>(data), DepositChangeResponseDto.class, id, zenodoConfig.getApiKey());
if (response.getStatusCode().equals(HttpStatus.UNAUTHORIZED)) {
throw new ZenodoAuthenticationException("Token is missing or invalid.");
@@ -76,7 +76,7 @@ public class ZenodoMetadataService implements MetadataService {
@Override
public void deleteCitation(Long id) throws ZenodoAuthenticationException, ZenodoApiException {
- final ResponseEntity<String> response = zenodoRestTemplate.exchange("/api/deposit/depositions/{deposit_id}?access_token={token}",
+ final ResponseEntity<String> response = apiTemplate.exchange("/api/deposit/depositions/{deposit_id}?access_token={token}",
HttpMethod.DELETE, null, String.class, id, zenodoConfig.getApiKey());
if (response.getStatusCode().equals(HttpStatus.UNAUTHORIZED)) {
throw new ZenodoAuthenticationException("Token is missing or invalid.");
diff --git a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/ZenodoTemplateInterceptor.java b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/ApiTemplateInterceptor.java
similarity index 89%
rename from fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/ZenodoTemplateInterceptor.java
rename to fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/ApiTemplateInterceptor.java
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--- a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/ZenodoTemplateInterceptor.java
+++ b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/ApiTemplateInterceptor.java
@@ -9,7 +9,7 @@ import org.springframework.stereotype.Service;
import java.io.IOException;
@Service
-public class ZenodoTemplateInterceptor implements ClientHttpRequestInterceptor {
+public class ApiTemplateInterceptor implements ClientHttpRequestInterceptor {
@Override
public ClientHttpResponse intercept(HttpRequest request, byte[] body, ClientHttpRequestExecution execution)
diff --git a/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/UploadTemplateInterceptor.java b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/UploadTemplateInterceptor.java
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--- /dev/null
+++ b/fda-citation-service/services/src/main/java/at/tuwien/utils/UploadTemplateInterceptor.java
@@ -0,0 +1,21 @@
+package at.tuwien.utils;
+
+import org.springframework.http.HttpRequest;
+import org.springframework.http.client.ClientHttpRequestExecution;
+import org.springframework.http.client.ClientHttpRequestInterceptor;
+import org.springframework.http.client.ClientHttpResponse;
+import org.springframework.stereotype.Service;
+
+import java.io.IOException;
+
+@Service
+public class UploadTemplateInterceptor implements ClientHttpRequestInterceptor {
+
+ @Override
+ public ClientHttpResponse intercept(HttpRequest request, byte[] body, ClientHttpRequestExecution execution)
+ throws IOException {
+ request.getHeaders().set("Content-Type", "multipart/form-data");
+ request.getHeaders().set("Accept", "application/json");
+ return execution.execute(request, body);
+ }
+}